A resposta é curta é que depende

Vários fatores precisam ser analisados antes da prescrição, tais como se a gravidade e prejuízo dos sintomas justificam os custos e riscos de uma prescrição, a presença de outros problemas de saúde (comorbidades), também se é a medicação mais indicada para o caso

Ainda é necessário ampliar a evidência científica acerca do tratamento dos pacientes com Transtorno do Espectro do Autismo com sintomas intensos de Desatenção e Hiperatividade, mas já há estudos clínicos randomizados que indicam que o uso de medicação pode beneficiar alguns pacientes, cabe também ressaltar que há indicativos de que o efeito da medicação para TDAH associada a Treinamento Parental demonstra melhor efeito do que a medicação sozinha

Em geral o uso de medicação pode ser considerado para pacientes com sintomas de TDAH que persistam com sintomas significativos mesmo após período de intervenções comportamentais

O uso da Atomoxetina em especial pode ser uma opção para pacientes que não tenham tolerado efeitos colaterais de estimulantes

Consulte seu médico para melhor aconselhamento e planejamento

Referências:
Rodrigues R, Lai MC, Beswick A, et al. Practitioner Review: Pharmacological treatment of attention-deficit/hyperactivity disorder symptoms in children and youth with autism spectrum disorder: a systematic review and meta-analysis. J Child Psychol Psychiatry. 2021;62(6):680-700. doi:10.1111/jcpp.13305
Smith T, Aman MG, Arnold LE, et al. Atomoxetine and Parent Training for Children With Autism and Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder: A 24-Week Extension Study. J Am Acad Child Adolesc Psychiatry. 2016;55(10):868-876.e2. doi:10.1016/j.jaac.2016.06.015